第一季结尾，方舟成功抵达宜居星球；第二季开始，他们发现这个星球上已经有人了——而且是上一批地球人。
第二季紧接着第一季的震惊结尾展开。方舟一号的五千名幸存者降落在“应许之地”绿洲星，却发现星球上已存在一个科技水平相当的殖民地，自称“方舟零号”。原来，地球在发射方舟一号之前，曾秘密发射过一艘实验船“方舟零号”，船上全是死刑犯和政治犯。官方对外宣布零号发射失败，实际上他们早在五十年前就已经成功殖民并发展出了完整的社会体系。现在，两个“地球文明”要在同一颗星球上共存，但方舟零号的条件是：方舟一号必须交出所有科技资料和医疗资源，作为“后来者”接受零号的法律管辖。更讽刺的是，方舟一号的领袖们发现，零号的社会虽然粗暴，但效率极高、犯罪率极低。他们面临的选择是：维护“民主包容”但可能全体饿死，还是接受“专制高效”但交出自由。第二季的主题只有两个字：妥协。
比第一季更黑暗也更真实，把“生存还是做人”的老问题放在了一个前所未有的残酷选项中。双方法律体系的碰撞戏比任何打斗都紧张。新角色方舟零号的女总督是全季最大亮点，亦正亦邪到让人恨不起来。季终集的那场公投会让所有人沉默。
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